La enorme complejidad política estratégica y financiera, y los tiempos de ejecución de las obras de reconstrucción plantean serios retos para el sector salud entre ellos:

• La disponibilidad de recursos financieros. Los escasos recursos de los cuales generalmente disponen los países en desarrollo  son agotados en la respuesta inicial durante el periodo de emergencia.
• La competencia con otras prioridades de interés social como vivienda, alimento, agua y saneamiento, entre otros sectores.