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La activación de un plan no es automática y debe hacerla la autoridad de la institución de salud involucrada a nivel local o las autoridades regionales o nacionales de salud si el nivel de la emergencia es mayor. El personal de salud tiene que estar capacitado para los procesos de activación del plan, en los cuales deben estar claramente formulados los mecanismos necesarios para ese propósito. Dependiendo de la naturaleza del desastre se designan diferentes fases:

a) Fase de alerta: cuando se ha establecido que existe una situación de emergencia, se debe empezar a activar el plan de “llamadas en cascada” mediante un proceso organizado que implica el tener registrados los nombres, direcciones y números de teléfono del personal y mecanismos alternos, en caso de corte de energía e interrupción de las líneas telefónicas. El plan debe incluir "sistemas de alerta" para la población como parte de los planes intersectoriales para diferentes tipos de emergencias, a fin de que la población pueda tomar medidas preventivas y de protección, en coordinación con las instituciones de defensa civil, las cuales pueden incluir la evacuación a refugios temporales.

La capacitación para aplicar el plan debe definir claramente los roles y responsabilidades de cada miembro del equipo de salud. Para este propósito se debe utilizar las denominadas “tarjetas de acción”. Cada uno de los miembros del equipo, de acuerdo a sus responsabilidades, porta una tarjeta donde se describe de una manera clara y sencilla las acciones que debe desarrollar, la información que debe recabar y la cadena de mando a la que debe informar, así como los números importantes para contacto inmediato.

Tomando en consideración que un plan de preparativos en el sector salud abarca los niveles nacional, regional y municipal y/o local, en cada uno de los niveles y dependiendo del grado de complejidad de las instituciones de salud, el plan designa un responsable del equipo “coordinador de la emergencia”. Esta persona es la encargada en primera instancia de coordinar las acciones dentro de las competencias establecidas en el plan.

Las acciones y mecanismos de coordinación son parte fundamental de un plan. Tienen que ser establecidas con anticipación a la ocurrencia de un desastre, establecer relaciones previas con los responsables y estar familiarizados con las capacidades de cada institución. La coordinación implica la armonización y mutuo entendimiento entre los diferentes actores e instituciones de acuerdo a sus capacidades y competencias.

Ningún plan es efectivo si no prevé la dotación de recursos humanos, físicos y financieros para su ejecución. El plan de salud debe tener en consideración el personal con el que cuentan las instituciones del sector. El plan de alcance nacional deberá también tomar en cuenta el potencial de los recursos existentes en la sociedad civil y en las organizaciones internacionales establecidas en el país y vinculadas al sector salud.